一、取鏡和安放
右手握住鏡臂，左手托住鏡座；把顯微鏡放在實驗臺上，略偏左（顯微鏡放在距實驗臺邊緣7厘米左右 處）。安裝好目鏡和物鏡。
二、對光
轉動轉換器，使低倍物鏡對準通光孔（物鏡的前端與載物臺要保持2厘米的距離）；把一個較大的光圈對準通光孔。左眼注視目鏡內（右眼睜開，便于以后同時畫圖）。轉動反光鏡，使光線通過通光孔反射到鏡筒內。通過目鏡，可以看到白亮的視野。
三、觀察
把所要觀察的玻片標本（也可以用印有“6”字的薄紙片制成）放在載物臺上，用壓片夾壓住，標本要正對通光孔的中心；轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩下降，直到物鏡接近玻片標本為止（眼睛看著物鏡，以免物鏡碰到玻片標本）；左眼向目鏡內看，同時反方向轉動粗準焦螺旋，使鏡筒緩緩上升，直到看清物像為止。再略微轉動細準焦螺旋，使看到的物像更加清晰；高倍物鏡的使用：使用高倍物鏡之前，必須先用低倍物鏡找到觀察的物象，并調到視野的正中央，然后轉動轉換器再換高倍鏡。換用高倍鏡后，視野內亮度變暗，因此一般選用較大的光圈并使用反光鏡的凹面，然后調節細準焦螺旋。觀看的物體數目變少，但是體積變大。
四、整理
實驗完畢，把顯微鏡的外表擦拭干凈。轉動轉換器，把兩個物鏡偏到兩旁，并將鏡筒緩緩下降到較為低處，反光鏡豎直放置。較為后把顯微鏡放進鏡箱里，送回原處。
注意事項：
1、嚴忌單手提取顯微鏡。
2、若須移動顯微鏡，務必將顯微鏡提起再放至適當位置，嚴忌推動顯微鏡（推動時造成的震動可能會導致顯微鏡內部零件的松動，切記!!），使用顯微鏡請務必小心輕放。
3、使用顯微鏡時坐椅的高度應適當，觀察時更應習慣兩眼同時觀察，且光圈及光源亮度皆應適當，否則長時間觀察時極易感覺疲勞。
4、轉動旋轉盤時務必將載物臺降至較為低點，以免因操作不當而刮傷接目鏡之鏡頭。
5、標本染色或其它任何操作皆應將玻片取下，操作完成后再放回載物臺觀察，切勿在載物臺上操作，以免染劑或其它液體流入顯微鏡內部或傷及鏡頭。
6、觀察完一種材料，欲更換另一種材料時，務必將載物臺下降至較為低點，換好玻片后再依標準程序重新對焦，切勿直接抽換標本，以免刮傷鏡頭或玻片標本。
7、用畢顯微鏡應將載物臺下降至較為低點，并將低倍鏡對準載物臺中央圓孔處，將電源線卷好，蓋上防塵罩，并收入存放柜中。
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