專業研究分子生物學的在以前已經裝配了普通凝膠成像分析系統，這兩年有一些有遠見教授或者研究到化學發光成像和多色熒光成像方向的實驗室已經裝配了，化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統，這有部分已經有一定的數量了。極少數實驗室也裝配了多功能活體成像分析系統，這在全國是屬于極少數的。第二類是研究和生物相關的交叉和邊緣學科實驗室，才剛剛裝配普通凝膠成像分析系統，并且這部分老師對分子影像成像分析系統還沒有完整的了解和系統的操作，他們選擇子影像成像分析系統更沒主意。從現在大的發展方向來看，專業研究分子生物學的已經在普通凝膠成像分析系統的基礎之上開始向化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統走的趨勢，但是在這中間有一個很大的問題就是絕大多數的老師很想向化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統做，并且他們有很多已經做到這個方向，但是這些老師沒有接觸過過化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統，對他們的具體的功能和操作都沒有足夠的知識，特別是在熒光染料的選擇上面和實際的動物及各種樣本的處理方面有一定得難度。
基于上面的三點所以分子影像成像分析系統的選擇應該遵循以下這樣的幾個原則：
1.分子影像成像分析系統的廠商的產品線要擁有普通凝膠成像分析系統。化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統，多功能活體成像分析系統這些比較長的產品線，這樣可以給老師足夠的選擇空間。并且可以從普通凝膠成像分析系統可以升級到化學發光成像分析系統的空間，從化學發光成像分析系統升級到多色熒光成像分析系統的空間，從多色熒光成像分析系統升級到多功能活體成像分析系統的空間。
2.選擇的品牌應該擁有自主生產分子影像成像分析系統的主要零部件的能力，特別是CCD的生產，濾光鏡片和多功能軟件這些主要部分，這樣可以為客戶以后的維修零部件的價格較低和質量的保證，同時這樣的廠家整套儀器的價位也可以有所降低。
3.分子影像成像分析系統的品牌同時擁有分子影像成像系統和數字成像系統生產能力，或者有分子影像成像系統和數字成像系統相結合的產品，因為現在的數字成像系統已經在各個領域應用非常的廣泛，以后分子影像成像系統和數字成像系統相結合一定是一個新的趨勢。
4.分子影像成像分析系統的品牌選擇，特別是在選擇化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統，多功能活體成像分析系統的時候，特別要注意品牌是否有強大的才可以，因為現在化學發光成像分析系統，多色熒光成像分析系統，多功能活體成像分析系統還沒有普遍，這些方面的知識和技術還不普遍，特別是，多功能活體成像分析系統更是如此。
